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吹哨者內部檢舉，被認為是替食安把關有效的方法之一，不過近年卻常發生吹哨者身分曝光，影響民眾檢舉的意願，根據統計，去年檢舉數量減少許多，立案只有29件，獎金只發出50萬。

戴上帽子及口罩低調出現在媒體鏡頭前，這位食安吹哨者去年4月檢舉位於桃園龜山未合法登記的地下工廠，回收盤商破損不良品及過期品，重製成糯米粉等產品，沒想到今年3月相關單位才對工廠進行封存，也還沒偵結起訴。

這位吹哨者說，「老鼠、蛇、蟑螂，什麼應有盡有，我詢問過上級主管，主管他沒有正面回答，他只有跟我說你不要管那麼多。

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」

吹哨者被視為把關食安有效關卡之一，衛福部還因此制定檢舉獎勵辦法，根據食藥署統計，近3年衛生單位依食安法立案的檢舉案件分別為105年48件、106年86件、107年29件，總計163件，共發1730萬元，但近年卻常發生吹哨者身分曝光，地方衛生局核發獎金過慢，降低民眾檢舉意願，而且食安獎金取決於行政裁罰，法律上規範採一罪不兩罰，一旦涉及刑法，不肖業者若遭判刑，沒有行政裁罰的情況下，吹哨者也拿不到獎金。

食藥署企科組科長黃建隆表示，「有些廠商其實透過行政救濟，在行政救濟還沒有完成之前，可能（檢舉案件數）這個部份沒有做一些核發，沒有核發的時候，我想這個部份可能案件統計上就沒有這樣一個數字。」新北市衛生局食藥科長楊舒秦也說明，「刑事這邊的處分確定偵查終結、確定了之後，都是要審查（吹哨者）他的資格條件，有達到發放標準就可以予以核發。」

對於地方衛生局核發獎金過慢，食藥署表示，各縣市若想鼓勵吹哨者，都可向中央食安基金申請加碼，未來也會檢討核發機制，不排除比照廉政署，依辦案進度先給予一定獎金，但仍須取得共識。